毛巾上常沾有人的汗液、泪液等分泌物，以及从环境中沾染的致病微生物，如沙眼衣原体、金黄色葡萄球菌、淋球菌及霉菌等，如果不勤洗、勤晒，大量细菌会在毛巾中存留、繁殖，用这样的毛巾擦身体，很可能造成感染。因此，用完毛巾后要及时清洗，最好每天用香皂洗一次，然后在太阳下晒干。经常会出现这样的情况，毛巾用了一段时间后就变硬了。这主要是因为水中游离的钙、镁离子与肥皂结合，黏附在毛巾上造成的。此外，长时间的污垢残留也是变硬的原因之一。为防止毛巾发硬，除了经常清洗之外，每隔一段时间在水中加入肥皂水或碱液，将毛巾煮沸几分钟;煮沸时，毛巾应全部浸入水中，避免与空气接触发生氧化而增加强度甚至脆化。再者，毛巾用的次数多了，还会变得油腻发黏而且吸水性差，并散发出一股馊味，越用肥皂洗反而越黏。这时，可以用适量的盐水搓洗后，用热水烫一下，最后再用清水漂洗干净，不但可使毛巾恢复本来的颜色，怪味也能消除。毛巾是纤维织物，使用时间长了，深入纤维缝隙内的细菌很难清除，清洗、晾晒、高温蒸煮等方式只能在短时间内控制细菌数量，并不能永久清除细菌。长期使用旧毛巾的话，会给细菌入侵造成机会。所以，最好三个月左右换一块新毛巾。
